股权转让应当按照市场经济公平交易原则支付对价，但由于现代市场交易的复杂性，境内关联企业间经常发生平价甚至低价转让股权的交易行为。这会产生被税务机关核查的风险。因个案差异巨大，税务机关在发现有关交易的计税依据明显偏低时该如何应对？这关系到国家的税收权益和纳税人的合法权益，需要精准把握法律适用。

一、低价转让股权引争议

最近，一起低价股权转让交易进入税务机关的视野。

A公司通过签订股权转让协议的方式，在二级市场上将其持有第三方的部分股权转让给其关联企业B公司，转让价格低于市场价格。对此，主管税务机关指出，A公司的转让价格明显偏低，又无正当理由，按规定应被核定应纳税额。A公司则认为其有正当的商业理由。问题是，不仅税企之间有争议，税务机关内部对本案的适用法律依据和征管程序也有不同见解。

二、该如何适用法律依据

税务机关内部的有关争论主要涉及两项法律依据。

一个是税收征管法第三十五条规定，即“纳税人有下列情形之一的，税务机关有权核定其应纳税额：……（六）纳税人申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的”。另一个是税收征管法第三十六条规定，即“企业或者外国企业在中国境内设立的从事生产、经营的机构、场所与其关联企业之间的业务往来，应当按照独立企业之间的业务往来收取或者支付价款、费用；不按照独立企业之间的业务往来收取或者支付价款、费用，而减少其应纳税的收入或者所得额的，税务机关有权进行合理调整”。

针对上述案例中境内关联企业之间低价转让股权的情形，有的认为应适用税收征管法第三十五条规定，有的则认为应适用税收征管法第三十六条规定。究竟应如何适用？这需要深入分析这两个法条的法律基础和适用前提。

税收征管法第三十五条规定的适用前提是，纳税人申报的计税依据明显偏低且无正当理由。明显偏低是指有关交易已经严重偏离市场交易的正常情形，是否具有正当理由需要结合个案具体分析。如果税务机关核查后认为交易不具备正当理由，除了对交易主体进行税收核定外，往往还因关联方之间的低价转让涉嫌隐瞒或欺骗行为，可能构成逃避缴纳税款或其他税收违法事实，这时稽查部门会依据《税务稽查工作规程》介入处理。

税收征管法第三十六条规定的适用前提是，关联方之间出于正常、合理的商业经营需要，如出具文件证明因国家政策调整生产经营受到重大影响、有政府文件或企业章程证明转让价格合理且真实、扶持被投资企业的成长、集团内部资源整合等，从节约财政支出的经济考量，采取低价转让股权。从法理上看，税法并不否定这种自由商业交易的合法性和合理性。但是出于纳税公平的考量，由于这种行为背离了独立企业之间的正常交易价格，税法要求低价转让导致的税收回避或减少应当予以补回，即采用反避税的特别纳税调整程序进行处理。

三、对应不同的征管程序

根据上述分析，税收征管法第三十五条和第三十六条的法理基础有差异，适用前提不同，对关联方之间低价转让股权行为的定性也不同。对应这些不同，这两个法条适用的税收征管程序也迥然有别。

税收征管法第三十五条是对通过欺骗或隐瞒等非正当手段逃避缴纳税款行为的规制。由于当事人涉嫌税收违法，稽查部门可能会直接介入。《税务稽查工作规程》第二条规定：“税务稽查的基本任务，是依法查处税收违法行为，保障税收收入，维护税收秩序，促进依法纳税。”该规程第十九条规定：“选案部门对案源信息采取计算机分析、人工分析、人机结合分析等方法进行筛选，发现有税收违法嫌疑的，应当确定为待查对象。待查对象确定后，选案部门填制《税务稽查立案审批表》，附有关资料，经稽查局局长批准后立案检查。”实践中，如果税务机关已经掌握了纳税人的违法线索，认为纳税人涉嫌税收违法，稽查部门可以将其列入待查对象。如果经查发现关联方之间存在隐形交易或阴阳合同等税收违法事实，应按照《税务稽查工作规程》规定程序立案处理。如果经查未发现税收违法事实，也应按照《税务稽查工作规程》出具不存在违法行为的结论，同时仍可以移交有关部门依据税收征管法第三十六条的规定实施纳税调整。

税收征管法第三十六条规定，关联方之间违背独立交易原则而减少其应纳税的收入或者所得额的，税务机关有权进行合理调整。企业所得税法第四十一条规定：“企业与其关联方之间的业务往来，不符合独立交易原则而减少企业或者其关联方应纳税收入或者所得额的，税务机关有权按照合理方法调整。”因此，对于关联方之间低价转让股权，尽管不排除主观故意的可能性，但在形式合法且具有正当理由的前提下，可以适用特别纳税调整程序补回税款。实践中既要考虑最接近股权转让当期的公允价值，也要考虑当期节点的市场环境等因素，评估不同的价格确定方法，达成税企双方可接受的共识。